Die Anfänge Allmannsweiers dürften in der Zeit nach der Eroberung des rechtsrheinischen Gebietes durch die Alemannen im dritten Jahrhundert nach Christi Geburt liegen. Der Name Allmannsweier wird so gedeutet, dass sich ein Sippenoberhaupt namens Adelmar oder Almar mit seiner Sippe an der Stelle des heutigen Dorfes seinen Weiler gebaut habe. Dies mag um 600 n.Chr. gewesen sein.
Im Jahr 1016 wird der Ortsname Allmannsweier als Almensweiler zum ersten Mal in einer Urkunde erwähnt. Kaiser Heinrich II. überträgt dem Kloster Schuttern u.a. auch Güter in Allmannsweier. Immer wieder taucht der Ortsname in den nächsten Jahrhunderten in Urkunden auf, in denen es meist um die Übertragung oder Bestätigung von Besitzrechten geht: etwa las man von „Almersweilre“ 1356, „Almeschwiller“ 1414, und 1453 findet sich in einer Urkunde des Klosters Schuttern der Ortsname in seiner heute noch gebräuchlichen Dialektform, wenn es heißt zu „Almeschwir in dem dorff“. Bis zum Übergang des Dorfes an das Großherzogtum Baden im Jahr 1806 war Allmannsweier vorwiegend in reichsritterschaftlichem Besitz, jedoch sind die Besitzverhältnisse komplex und schwer zu durchschauen. Die Herren wechseln häufig: das Dorf gehört den Grafen von Geroldseck im 15. Jahrhundert, der Stadt Straßburg im 16. Jahrhundert und der ersten Hälfte des 17. Jahrhunderts, den Familien Böcklin von Böcklinsau, von Frankenstein, von Waldner und von der Grün; auch der Abt von Schuttern hat Besitzrechte. Das Leben im Dorf wurde jedoch von diesen Herrschaftswechseln selten einschneidend beeinflußt. Eine Ausnahme bildet die Reformationszeit. Hätte Allmannsweier in diesen Jahren nicht zum evangelisch gesinnten Straßburg gehört, wäre es nicht evangelisch geworden.
Das landwirtschaftlich geprägte Dorfleben wurde im Laufe der Zeit gebietstypischen vom Tabakanbau geprägt. In der Gebietsreform 1972 schlossen sich die vier bis dato eigenständigen Ortschaften Ottenheim, Allmannsweier, Nonnenweier und Wittenweier zur Gemeinde Schwanau zusammen.
Durch die gute Verkehrsanbindung an die A5 verlor sich allmählich der dörfliche Charakter, immer mehr Menschen lernten das Leben auf dem Dorf schätzen, zum Arbeiten wurde oft gependelt.